Richiesto lo stato di emergenza per le ferrovie del Sud Est al Ministero delle Infrastrutture e Trasporti ai sensi della legge 225/92. Le FSE hanno segnalato il 9.11.2005 l’aggravarsi della situazione a causa dell’obsolescenza del materiale rotabile e dell’infrastruttura. La preoccupazione è aggravata anche a seguito dei recenti fenomeni meteo. Tali eventi hanno aggravato anche le condizioni di stabilità della sede ferroviaria specie dove le traversine sono ancora in legno. Sui 476 km di linea, 395 sono stati rinnovati. Il resto è ancora su binari vetusti, in alcuni casi (Maglie Otranto) risalenti al 1903 – 1905. Nelle altre tratte i binari risalgono al 1959. Sulle tratte Maglie Otranto, Zollino Casarano, Novoli Gagliano, Bari Noicattaro, Mungivacca Turi e Alberobello Locorotondo si rilevano anche gravi segni di usura della rotaia, inquinamento della massicciata, usura delle traverse in legno che non permettono di mantenere lo scartamento nei valori di tolleranza ammessa. Nelle zone di Bari traverse e rotaie sono più nuove ma sopportano un traffico più intenso. La richiesta di stato di emergenza prevede una richiesta di 35 milioni di euro per le linee salentine e 15 milioni per quelle baresi.